Buenas tardes,
Puedo darle una solución, al parecer lo que necesita es bastante simple en el sentido que no necesite GUI, verdad? Solo una salida por terminar y escritura de archivos si mal no interpreto.
Tengo buenos conocimientos en ambas cosas, Java y Matrices ya que ambas las he aprendido durante el cursado de mi carrera. He estudiado mucho ambos tema y más aún Java que es lo que actualmente me financia el resto de mi carrera.
La solución que inicialente puedo plantearle es la siguiente:
-Crear una clase CalculadoraDeMatriz con un método por cada operación: sumarMatrices(), multiplicarMatrices(), etc.
Luego, crear una clase con las operaciones de lectura/escritura
requeridas, y por último una clase principal que se encargue de administrar los recursos que las dos anteriores clases aporten. Eventualmente, es posible que se necesiten algunas estructuras de datos que agrupen los datos de la forma conveniente, pero esto no creo que, de necesitarse, haya que construirlo, con lo que el paquete collection de java aporta será suficiente.
Como información extra puedo comentarle que el libro "Algebra I" del autor Armando Rojo tiene una muy buena explicación de Matrices que fácilmente pueden llevarse a software, en este caso, Java.
Me pongo a su disposición, si cree que le puedo ser útil no dude en ponerse en contacto por esta vía, me gustaría mucho llevar adelante su proyecto ya que me haria convinar dos temas que los he estudiado por separado. Espero podamos trabajar juntos. Espero espectante su respuesta.
Un saludo cordial,
Christian Giménez.