Buen día,
Mis proyectos en OpenCV están principalmente hechos en Python, pero el C no me es ajeno y puedo desenvolverme con soltura con él. Con lo que me comentas tengo una idea aproximada de lo que hace tu programa; pero, obviamente, necesitaría una explicación más detallada para poder comprender mejor lo que necesitas.
Por favor, no tengas dudes en comunicarte cnmigo.. Estoy seguro que quedarás satisfecho con mi trabajo.